Las víctimas del Plan Cóndor fueron perseguidas en 13 países: ocho en América Latina (Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Costa Rica, Paraguay, Perú y Uruguay), cuatro en Europa (Francia, España, Italia y Portugal), y Estados Unidos. No obstante, la mayoría de las operaciones se perpetraron dentro de un solo país, Argentina, donde se cometió el 70% de los crímenes. Solo el 2% de las víctimas fueron apresadas fuera del continente sudamericano.

Debido al carácter altamente secreto del Plan Cóndor, no existen listas oficiales de víctimas. Sin embargo, investigaciones recientes han señalado que hubo al menos 805 víctimas de represión transnacional en América del Sur entre agosto de 1969 y febrero de 1981. 
Las víctimas tenían orígenes diversos: la mayoría de ellas (40%) eran activistas políticos y sociales; el 36% eran miembros de grupos armados revolucionarios; el 13% no tenía ninguna afiliación; y el 5% eran personas con estatus oficial de refugiado. 

El acuerdo fundacional del Plan Cóndor fue firmado por los representantes de inteligencia militar de Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay el 28 de noviembre de 1975. Esta es la fecha de inicio formal del Plan Cóndor. Sin embargo, estos países ya habían colaborado previamente en la represión transnacional de manera más informal y ad hoc al menos desde 1969. El Plan Cóndor, como foro multilateral de represión transnacional, dejó de funcionar a finales de 1978, aunque las operaciones informales y bilaterales continuaron hasta febrero de 1981.

Los cinco países que firmaron oficialmente el acuerdo que creó el Plan Cóndor en su reunión fundacional, celebrada en Santiago de Chile entre finales de noviembre y principios de diciembre de 1975, fueron: Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay. Brasil se unió a mediados de 1976, mientras que Perú y Ecuador lo hicieron entre finales de 1977 y principios de 1978.

El Plan Cóndor fue una red secreta de represión transnacional que se estableció formalmente a finales de 1975 para facilitar la represión transfronteriza de opositores y disidentes políticos que vivían en el exilio, principalmente en América del Sur, pero también más allá de ese continente.