Debido al carácter altamente secreto del Plan Cóndor, no existen listas oficiales de víctimas. Sin embargo, investigaciones recientes han señalado que hubo al menos 805 víctimas de represión transnacional en América del Sur entre agosto de 1969 y febrero de 1981.
Las víctimas tenían orígenes diversos: la mayoría de ellas (40%) eran activistas políticos y sociales; el 36% eran miembros de grupos armados revolucionarios; el 13% no tenía ninguna afiliación; y el 5% eran personas con estatus oficial de refugiado.
Las víctimas provenían de todos los siete países sudamericanos miembros del Cóndor, pero tres grupos se destacan: los uruguayos representan aproximadamente la mitad de las víctimas (48%), seguidos por los argentinos (23%) y los chilenos (14%).
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