En Argentina la primera causa contra el Plan Cóndor comenzó en el año 1999.
El 5 de marzo de 2013 llegó a la instancia de juicio oral acumulada junto a otras dos y con la segunda parte del expediente por los crímenes cometidos por la coordinación de fuerzas represivas argentinas y uruguayas en el centro clandestino de detención, tortura y extermino conocido como "Automotores Orletti".
Abarcó los casos de ciento setenta y tres víctimas de Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay, Perú y Uruguay. Del total de víctimas, sesenta y cinco eran de la causa Automotores Orletti, ciento seis de Plan Cóndor y otras dos que se vinculan a ambas causas.
Un total de veintisiete imputados comenzaron a ser juzgados en el juicio oral de los cuales diecisiete llegaron al final ya que por motivos de salud o fallecimiento, diez fueron excluídos.
El Tribunal Oral en lo Criminal Federal N°1 de la Capital Federal condenó a quince de los diecisiete acusados, la mayoría fueron encontrados autores del delito de "asociación ilícita en el marco del Plan Cóndor" junto a otros crímenes de lesa humanidad cometidos. De los quince condenados, catorce son de nacionalidad argentina y uno, Manuel Cordero, uruguayo.
El tribunal estuvo integrado por los jueces Oscar Ricardo Amirante, Adrián Federico Grünberg, Pablo Gustavo Laufer y Ricardo Ángel Basílico (como juez sustituto)
Lista de condenados y de penas impuestas por el tribunal:
1. Santiago Omar Riveros (Ejército) 25 años de prisión;
2. Miguel Ángel Furci (Inteligencia civil), 25 años de prisión;
3. Reynaldo Benito Bignone (Ejército y ex dictador), 20 años de prisión;
4. Eduardo Samuel De Lío (Ejército),12 años de prisión;
5. Humberto José Román Lobaiza (Ejército), 18 años de prisión;
6. Enrique Braulio Olea (Ejército), 13 años de prisión;
7. Luis Sadi Pepa (Ejército), 12 años de prisión;
8. Rodolfo Emilio Feroglio (Ejército), 20 años de prisión;
9. Carlos Caggiano Tedesco (Ejército), 12 años de prisión;
10. Antonio Vañek (Marina), 13 años de prisión;
11. Eugenio Guañabens Perelló (Ejército), 13 años de prisión;
12. Felipe Jorge Alespeiti (Ejército), 12 años de prisión;
13. Manuel Cordero Piacentini (Ejército uruguayo), 25 años de prisión;
14. Néstor Horacio Falcón (Ejército), 12 años de prisión;
15. Federico Antonio Minicucci (Ejército), ocho años de prisión;
16. Juan Avelino Rodríguez (Ejército), absuelto;
17. Carlos Tragant (Ejército), absuelto.